Thế kỷ 17 người Mông Cổ bị người Mãn Châu (Nữ Chân) tấn công mạnh mẽ. Năm 1634, Ligdan Khan, vị Khan Vĩ đại cuối cùng của người Mông Cổ chết trên đường tới Tây Tạng. Con trai ông, Ejei Khan, đầu hàng người Mãn Châu và trao ấn báu của Hoàng đế Nguyên cho vị vua Mãn Thanh là Hong Taiji (Hoàng Thái Cực). Từ đó, Hong Taiji lập ra Nhà Thanh với tư cách là triều tiếp nối Nhà Nguyên. Năm 1636, Mông Cổ trở thành một phần của đế chế Mãn Thanh. Năm 1911 nhà Mãn Thanh sụp đổ, Mông Cổ trở thành nước tự trị từ 1911 đến 1919.